Theo PGS.TS Lương Thế Dũng, Phó Giám đốc Học viện phụ trách Phân hiệu, cùng với các nhiệm vụ của Phân hiệu, thì công tác tuyển sinh đào tạo ngành Công nghệ thông tin và ngành An toàn thông tin tại Phân hiệu là một nhiệm vụ góp phần tăng cường nhân lực chất lượng cho phát triển kinh tế - xã hội khu vực phía Nam.
Năm 2021, Học viện Kỹ thuật mật mã triển khai tuyển sinh đào tạo trình độ Thạc sĩ ngành An toàn thông tin tại Phân hiệu. Kỳ thi tuyển sinh đầu vào sẽ diễn ra vào ngày 17 và 18/4/2021 tại TP. Hồ Chí Minh. Chỉ tiêu dự kiến là 25.
Căn cứ quyết định số 1987/QĐ-BGDĐT ngày 17/7/2020 của Bộ Giáo dục và Đào tạo, về việc cho phép Phân hiệu Học viện Kỹ thuật mật mã tại TP. Hồ Chí Minh tổ chức hoạt động đào tạo. Hiện nay Phân hiệu tuyển sinh đào tạo đại học theo phương thức duy nhất là sử dụng kết quả thi tốt nghiệp THPT 2021 để xét tuyển.
Công tác xét tuyển đại học tại Phân hiệu Học viện Kỹ thuật mật mã tại TP. Hồ Chí Minh độc lập với cơ sở Hà Nội của Học viện. Điểm trúng tuyển đại học của ngành đào tạo tại Phân hiệu khác điểm trúng tuyển các ngành đào tạo tại cơ sở Hà Nội.
Năm 2021, Phân hiệu tuyển sinh đào tạo thêm chuyên ngành Công nghệ phần mềm (thuộc ngành Công nghệ thông tin) bên cạnh ngành An toàn thông tin, chỉ tiêu mỗi ngành là 60. Thí sinh được chọn ngành học khi đăng ký nguyện vọng xét tuyển đại học vào Phân hiệu. Các tổ hợp đăng ký xét tuyển đại học là A00 (Toán, Lí, Hóa) hoặc A01 (Toán, Lí, Anh) hoặc D90 (Toán, Tiếng Anh, Khoa học tự nhiên). Mã ngành đăng ký xét tuyển đại học:
